Isomorphic Labs официально представила свою новую систему Isomorphic Labs Drug Design Engine (IsoDDE). Это унифицированный ИИ-движок для дизайна лекарств, который идёт дальше возможностей AlphaFold 3 (AF3). Разработчики заявляют, что IsoDDE более чем вдвое превосходит AlphaFold 3 по точности предсказания структур белок-лиганд на сложном бенчмарке, специально нацеленном на проверку обобщения. Речь идёт о тесте «Runs N’ Poses» (Škrinjar et al. 2025), где IsoDDE справляется с самыми трудными случаями — теми, что максимально далеки от обучающей выборки. Модель успешно предсказывает такие сложные явления, как induced fit (адаптация формы белка под лиганд) и открытие криптических карманов, которые не видны без связанной молекулы.
Но малые молекулы — не единственная область применения. IsoDDE показывает резкий скачок в точности моделирования взаимодействий антител с антигенами. На сложном тестовом наборе с низкой гомологией система превосходит AlphaFold 3 в 2,3 раза, а Boltz-2 — в 19,8 раз в категории высококачественных предсказаний (DockQ > 0,8). Особенно впечатляет работа с петлёй CDR-H3 — самым вариабельным и трудным участком антител.
Движок также умеет предсказывать аффинность связывания (насколько сильно молекула связывается с мишенью). IsoDDE обходит все существующие методы глубокого обучения на трёх публичных бенчмарках — FEP+ 4, OpenFE и CASP16. Более того, он превосходит золотой стандарт физических методов вроде FEP, хотя тем для работы нужны экспериментальные кристаллические структуры, а IsoDDE — нет.
Ещё одна ключевая способность IsoDDE — находить новые связывающие карманы на белках, даже не зная лиганда. Движок делает это за секунды на обычном компьютере, тогда как экспериментальные методы (например, fragment-soaking) требуют огромных затрат времени и денег. Пример — криптический сайт на белке цереблон, который экспериментально открыли только в 2026 году. IsoDDE предсказал его расположение, используя лишь аминокислотную последовательность, без указания самих лигандов, а затем правильно «уложил» лиганды в оба кармана.
Внутри Isomorphic Labs IsoDDE уже активно применяют для поиска новых лекарств, работы с неизвестными структурами и создания новых химических соединений. Технический отчёт с деталями доступен на Zenodo.